Alexander Vitkovski (alev_biz) wrote,
Alexander Vitkovski
alev_biz

Бактериальный тест на устойчивость к антибиотикам перенесли в компьютер

Ученые из Оксфордского университета разработали программу, которая получает на вход последовательность генома бактерии и выдает, к каким антибиотикам она устойчива, а к каким нет. Она может работать на обычном ноутбуке или планшете и проводит вычисления всего за несколько минут, что должно сделать ее применимой в лечебной практике. Статья, описывающая разработку, опубликована в журнале Nature Communications.



бактериальный тест на устойчивость к антибиотикам перенесли в компьютер
Колония Staphylococcus aureus

На данной стадии разработки ученые выбрали два вида патогенных бактерий человека: Staphylococcus aureus и Mycobacterium tuberculosis. Исследователи использовали данные об известных вариантах генов этих видов, которые дают бактериям устойчивость к разным видам антибиотиков. Алгоритм поиска этих вариантов был реализован в программе, получившей название Mykrobe Predictor.

По результатам проведенного тестирования точность предсказаний оказалась довольно высокой. Для S. aureus устойчивость к 12 антибиотикам программа правильно предсказывает в 99,1 процентах случаев, а для M. tuberculosis в 82,6 процентах случаев, что, вероятно, связано с меньшей изученностью генетических механизмов устойчивости у этого вида.

Экспериментальное определение устойчивости культуры бактерий к антибиотикам занимает достаточно много времени — от одного дня в случае S. aureus до нескольких недель в случае M. tuberculosis. Учитывая, что секвенирование ДНК бактерий из образцов пациента занимает куда меньше времени, использование Mykrobe Predictor может значительно сократить время подбора подходящих антибиотиков.

Автор: Анна Образцова

Ссылка на источник

Tags: ДНК, антибиотики, бактерии, геном, инструменты и методы, медицина
Subscribe

Posts from This Journal “антибиотики” Tag

Buy for 30 tokens
Гопники, а по совместительству активисты движения "Лев против" и "СтопХам" решили стать законными представителями власти, для чего через Общественную палату РФ предложили главе МВД аккредитовать их организации в качестве народных дружинников. Что думаете на эту тему?…
  • Post a new comment

    Error

    Anonymous comments are disabled in this journal

    default userpic

    Your IP address will be recorded 

  • 0 comments