Alexander Vitkovski (alev_biz) wrote,
Alexander Vitkovski
alev_biz

Categories:

Обнаружены новые коронавирусы панголинов

Исследователям удалось найти новых родственников SARS-CoV2 в яванских панголинах, нелегально завезенных в Китай.

Обнаружены новые коронавирусы панголинов

Метагеномный скрининг обнаружил две линии панголиновых коронавирусов, которые входят в ту же группу что и ранее найденный вирус летучих мышей RaTG13 и сам SARS-CoV2. Ключевой участок S-белка одной из линий практически совпадает с таковым у SARS-CoV2, авторы объясняют это параллельной эволюцией или рекомбинацией. Препринт появился на сайте biorxiv.org 18 февраля, но теперь статья принята к публикации и доступна на сайте Nature. Из-за необходимости быстрого обмена информацией по тематике COVID-19 эта работа вышла в ускоренном режиме и может содержать неточности.



Чешуя панголинов, несмотря на охранный статус, активнейшим образом используются в китайской медицине, а мясо этих животных ценится в местной кухне как деликатес. Нелегальный импорт панголинов носит массовый характер — например на Гонкогнской таможне однажды арестовали 8,3 тонны чешуи этих зверей. Изучение геномов коронавирусов в ходе пандемии COVID-19 дало основание предположить, что массовый трафик может быть опасен не только для панголинов, но и для людей. Еще в начале эпидемии было известно, что все ранние пациенты c COVID-19 были связаны с уханьским рынком, и по одной из версий вирус был занесен вместе с каким-то продававшимся там диким видом, поэтому панголины оказались среди подозреваемых.

Осенью 2019 года, еще до начала эпидемии вышла на статья, посвященная метагеномам 11 яванских панголинов (Manis javanica), которых не смогли выходить в Гуандунском Центре по спасению диких животных. Это было одно из первых исследований вирусного разнообразия панголинов, и среди прочего исследователи обнаружили у них куски РНК, похожие на парагрипп и коронавирусы.

Из-за эпидемии COVID-19 эти данные были подняты и пересмотрены, и из них попытались собрать черновой геном коронавируса панголина. 7 февраля 2020 года на сайте Южно-китайского Университета появилась информация, что этот геном совпадает с SARS-CoV2 на 99 процентов, но позже, — после выхода препринта 20 февраля выяснилось, что впопыхах произошло недопонимание. Оказалось, речь шла не о всем геноме, а лишь о ключевом домене S-белка, а геном в целом совпадал на 90.2 процента.

Ученые из Гонконгского университета и Университета Шаньтоу провели независимый анализ метагеномов яванских панголинов. В качестве образцов тканей они использовали ткани 18 животных, изъятых у нелегальных торговцев в 2017-2018 годах на юге Китая в Гуанси. Секвенирование РНК обнаружило коронавирусы у пяти из них (шесть образцов тканей). На основании геномных данных авторы статьи сделали аналог лабораторного теста и проверили еще 12 панголинов: у трех из них в тканях легких снова нашли коронавирусы.

Кроме того, авторы собрали геном коронавируса из тканей панголинов, изъятых аналогичным образом в Гуандуне в марте 2019 года, а заодно пересобрали консенсусный геном вируса из данных сентябрьской работы. Всего таким образом у них на руках оказалось 8 полных или почти полных геномов вирусов: шесть — по количеству образцов — из Гуанси и два из провинции Гуандун.

Новые геномы еще раз подтвердили расположение панголиновых вирусов относительно SARS-CoV2 на филогенетическом дереве: дальше чем вирус подковоноса RaTG13, но ближе чем все остальное. Аналогичным образом подтвердилась информация о том, что участок связывания с рецептором ACE2 у панголиновых вирусов очень похож на SARS-CoV2, тогда как в целом новые геномы совпадают с ним на 85,5-92,4 процента.

Авторы статьи предлагают два сценария, которые могут объяснить такое совпадение. Белки ACE2 у людей больше похожи на панголиньи, чем на ACE2 летучих мышей. Для вируса жизненно важно хорошо связываться с этим белком, поэтому мутации, которые этому способствуют, легко закрепляются, тогда как остальной геном меняется медленнее. Как итог два относительно далеких вируса могут приобрести одинаковые мутации как приспособление к похожим ACE2 рецепторам.

По второй версии у кого-то из представителей линии, к которой относятся обсуждаемые вирусы и их пока неизвестные родственники, могла произойти рекомбинация, при которой два вируса обменялись участками S-белка, оказавшись внутри одного хозяина. Авторы статьи не могут с точностью указать на наиболее вероятный вариант, но надеются что загадка разрешится по мере появления новых данных.

От редакции

Рекомбинантная гипотеза не помогает конспирологическим теориям, растущим в изобилии вокруг происхождения SARS-CoV2 и обсуждавшимся недавно в нашем материале. Даже если взять геном RaTG13 и заменить в нем участок S-белка на панголиний, то конечный вирус все равно будет иметь массу рассыпанных по всему геному мутаций отличающих его от SARS-CoV2.

Кроме того, рекомбинация у коронавирусов может происходить и вне лаборатории, и более того - широко распространена в природе. Это явление было обнаружено у коронавирусов птиц, оно же спровоцировало; вспышку пневмонии MERS в 2015 году, а рекомбинация внутри вирусов летучих мышей подготовила почву для эпидемии 2003 года (подробно о роли рекомбинации в смене хозяев у коронавирусов можно прочитать в обзоре).

Автор: Вера Мухина





Ссылка на источник

Tags: биология, вирусы, генетика, геном, животные
Subscribe

Posts from This Journal “вирусы” Tag

Buy for 30 tokens
Беда не приходит одна Если кто ещё помнит одного из самых ярких блогеров Живого Журнала Рому Петрова romapetrov, то этот пост для вас. Ромы с нами уже нет, однако в его семье продолжают происходить неприятные вещи, так год назад папа Ромы перенес инсульт и мы с вами помогли ему…
  • Post a new comment

    Error

    Anonymous comments are disabled in this journal

    default userpic

    Your IP address will be recorded 

  • 2 comments