Alexander Vitkovski (alev_biz) wrote,
Alexander Vitkovski
alev_biz

Исследователи МГУ рассчитали энергию взаимодействия белка и лиганда по разным моделям

Ученые Научно-исследовательского вычислительного центра МГУ имени М.В. Ломоносова в сотрудничестве со своими коллегами из Политехнического университета Виргинии (США) и Института системной биологии в Сиэтле (США) показали, что учет взаимодействия молекул с растворителем увеличивает точность расчета энергии связывания белка и лиганда. Исследователи сравнили неявные модели растворителя в разных программных реализациях. О своем исследовании ученые рассказали в статье, которая была опубликована в журнале Journal of Molecular Graphics and Modelling.

исследователи МГУ рассчитали энергию взаимодействия белка и лиганда

«Вклад в энергию связывания белка и лиганда, обусловленный взаимодействием молекул с растворителем (энергия сольватации/десольватации), играет одну из ключевых ролей и может оказать заметное влияние на результаты расчетов энергии взаимодействия белок — лиганд. Данная работа посвящена исследованию и сравнению различных неявных моделей растворителя в разных программных реализациях», — рассказала соавтор статьи, кандидат физико-математических наук Екатерина Каткова (МГУ).

В работе рассмотрены неявные модели растворителя (воды): PCM (Polarized Continuum Model), GB (Generalized Born), COSMO (COnductor-like Screening MOdel) — и решение уравнения Пуассона — Больцмана в различных программных реализациях и в рамках описания молекул силовыми полями MMFF94 и Amber. В качестве референсных данных использовались экспериментальные значения энергий гидратации малых молекул, а также значения энергий сольватации и десольватации, полученные с помощью расчетов в явной модели растворителя для малых молекул, белков и комплексов белок – лиганд.

«Точный и быстрый расчет энергий сольватации и десольватации необходим при проведении докинга — позиционирования лиганда в белке и оценки энергии взаимодействия белка и лиганда — при поиске новых ингибиторов. Включение неявной модели растворителя в процедуру докинга, а не на стадии постпроцессинга, как это делается в большинстве программ докинга, поможет повысить качество расчетов», — заключила Каткова.

Ссылка на источник

Tags: биотехнология, знания, исследования, наука
Subscribe
promo kabzon 13:57, yesterday 1
Buy for 30 tokens
В Республике Башкортостан сохраняется дефицит иммуноглобулина человека против клещевого энцефалита. Об этом «ФВ» сообщила генеральный директор аптечной сети «Фармленд» Аделя Кальметьева. По данным регионального управления Роспотребнадзора, по состоянию на 16 июня в…
  • Post a new comment

    Error

    Anonymous comments are disabled in this journal

    default userpic

    Your IP address will be recorded 

  • 0 comments